Non si conosce la sua origine ma le prime notizie certe risalgono all'852 d.C. dove, in una bolla di papa Leone IV diretta al vescovo di Tuscania, compare, per la prima volta, il nome Montis Alti.
Tra i secoli XI secolo e XII Montalto subì gravi distruzioni. La più nota è quella del 1109 quando papa Pasquale II, per sconfiggere Stefano dei Corsi, fece distruggere, dalle milizie normanne, Castrum Montis Alti in cui si era arroccato.
Durante l'Età Medievale nacque e si sviluppò uno scalo portuale: situato nella foce del fiume
Fiora, costituì un approdo importantissimo per le rotte tirreniche, specie per l'imbarcazione dei grani.
Il centro storico raggiunge la sua massima espansione urbanistica nel Trecento e diventa un territorio conteso dal Papa, il Comune di Roma, gli Orsini e i Prefetti di Vico.
Le continue battaglie di quest'epoca, la Cattività Avignonese e la difficile congiuntura economica mettono in grave crisi il paese; la difficile condizione migliorerà, in parte, nel 1421 quando papa Martino V, interessato a mantenere nella zona un centro abitato per sorvegliare la Dogana dei Pascoli, scrisse una bolla per favorire il ripopolamento nella zona.
Da questo momento il territorio di Montalto si lega indissolubilmente al sistema agro-pastorale, alla transumanza e al lavoro stagionale.